扎克瑞·昆图2000年,参演个人首部电视电影《TheOthers》。2003年,在悬疑惊悚剧《24小时第三季》中饰演CTU分析家亚当.考夫门。2006年,与杰克·科尔曼,海顿·潘妮蒂尔联袂主演电视剧《英雄第一季》,在剧中饰演复杂的邪恶人物塞拉。2007年,由其出演的电视剧《英雄第二季》播出。2008年,出演电视剧《英雄第三季》。2009年,与克里斯·派恩共同主演科幻冒险电影《星际迷航》,在片中饰演身上流淌着一半人类血脉的史波克；同年,由其出演的电视剧《英雄第四季》首播。2010年10月28日,由其主演的外百老汇剧《天使在美国》上演；同年,提名第36届人民选择奖最受欢迎突破男演员。2011年,与凯文·史派西,保罗·贝坦尼共同出演的剧情电影《商海通牒》上映,他在片中饰演初级证券投资经纪人皮特·苏利文,凭借该片获得第27届美国独立精神奖罗伯特·奥特曼电影奖；3月,由其出演的奇幻喜剧电影《走进酒吧的女孩》上映；同年,由其出演的电视剧《美国恐怖故事第一季》首播。2012年,由其主演的电视剧《美国恐怖故事第二季》播出,他凭借该剧提名第65届黄金时段艾美奖迷你剧,电视电影最佳男配角。2013年5月17日,由其主演的电影《星际迷航：暗黑无界》上映。2014年,由其出演的爱情喜剧电影《我们永远不会拥有巴黎》上映。2015年,与詹姆斯·弗兰科,艾玛·罗伯茨共同出演传记电影《我叫迈克尔》；6月,与麦斯·米科尔森,休·丹西等联袂出演的惊悚剧《汉尼拔第三季》播出；8月,与鲁伯特·弗兰德,汉娜·韦尔联合主演的动惊悚电影《代号47》上映,他在片中饰演建立起精英杀手军队的大反派约翰·史密斯。2016年,主演电影《星际迷航3：超越星辰》；同年,与约瑟夫·高登-莱维特,谢琳·伍德蕾共同出演的惊悚传记电影《斯诺登》上映,他在片中饰演具有正义感的记者格伦·格林沃尔德；9月,与夏洛特·兰普林搭档主演的科幻冒险电影《通往火星》上映；此外,还与珍妮·斯蕾特,希拉·凡德联袂主演了剧情电影《土豚》。2017年,与朱丽安妮·尼科尔森,艾玛·罗伯茨联合主演剧情电影《我们现在是谁》。2018年,由其出演的动作惊悚电影《阿尔忒弥斯酒店》上映。2019年,出演由史蒂文·索德伯格执导的运动题材电影《高飞鸟》；6月,与阿什莉·卡明斯合作主演的奇幻悬疑剧《幻影恶灵第一季》首播。2020年,由其主演的电视剧《幻影恶灵第二季》播出。2021年3月26日,参与电视动画片《无敌少侠第一季》的配音。2022年10月19日,参演的电视剧《美国恐怖故事第十一季》开播。2023年,参与动画片《无敌少侠第二季》的配音；同年,与雅各布·艾洛蒂合作主演犯罪惊悚电影《他朝那边走了》,该片根据真实事件改编。11月3日,参与配音的Amazon超英动画剧集《无敌少侠第二季》播出。